第二代测序技术原理精讲 2022-11-25

（一）    文库(library)构建 1.        末端修复（3‘末端添加碱基A） 建库第一步是使用Taq聚合酶补齐 ...

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QIIME 2教程之双端序列合并 2022-11-24

Dada2方法要求的输入测序数据必须是已经拆分样本（类似qiime1裂库）的测序数据，这个测序数据也必须是带质量信息的。对于双端测序数据，不要提前拼接，有些人 ...

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QIIME 2教程之Barcode拆分和去除引物 2022-11-20

在数据量比较小的情况下，dada2 （ deblur ） 分析 的输入数据最好提前将 barcodes 和引物这些不想要的 adapters 切除，虽然 dada2 （ deblur ）也能粗略 ...

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Git简明使用教程 2022-11-13

（一）安装 conda install git （二）配置 git config --global user.name " 你的用户名 " git config --global user.email ...

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sam/bam格式解读之Edit Distance编辑距离（NM tag） 2022-11-08

sam 文档中对NM tag (编辑距离: 从字符串a变到字符串b，所需要的最少的操作步骤（插入，删除，更改）为两个字符串之间的编辑距离。) 举个栗子：两个字符串 ...

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QIIME 2序列处理情况汇总详解 2022-11-07

（一）物种组成成分之参考序列提取 命令：qiime feature-classifier extract-reads --help 参数解释： --p-f-primer --p-r-primer 上下游 ...

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QIIME 2教程之生成特征表和特征序列(案例二) 2022-11-06

案例 二（其他fastq数据格式（单端数据）） （一） 样本元数据 在开始任何分析之前，熟悉元数据很重要。元数据 metadata.tsv 。 ...

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QIIME 2教程之生成特征表和特征序列(案例一) 2022-11-06

案例一（地球微生组计划(EMP)单端数据） 数据来源研究文章《Moving pictures of the human microbiome》在2011年发表于Genome Biology。（QIIME 2在五个时间 ...

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QIIME 2教程之物种组成分析 2022-11-05

为什么要训练分类集？ 因为不同实验的扩增区域不同，鉴定物种分类的精度不同，提前的训练可以让分类结果更准确。但目前ITS区域训练对结果准确性提高不大， ...

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QIIME 2安装教程 2022-11-05

 主要以下步骤   第一步，安装Miniconda 自己根据自己的电脑系统选择对应版本进行安装即可。 第二步，安装qiime2 第三 ...

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